A fost finalizat un proiect european în valoare de 40 de milioane de euro în domeniul analizei integrative a datelor pentru evaluarea siguranţei noilor medicamente şi cercetare.
Proiectul european eTRANSAFE s-a născut din oportunitatea de a face schimb de date şi din nevoia de a putea face predicţii mai bune privind toxicitatea viitoarelor medicamente.
Pe o singură platformă, proiectul integrează date din peste 10 000 de studii farmacologice realizate de companiile farmaceutice de referinţă, provenind dintr-o duzină de baze de date care adună informaţii publice şi private despre studiile clinice şi preclinice.
Proiectul a dezvoltat, de asemenea, o aplicaţie - „Flame" - de învăţare automată cu sursă deschisă care permite să se prevadă dacă viitoarele medicamente vor avea efecte adverse.
„Schimbul de date este la ordinea zilei, iar în lumea academică, datele deschise sunt relativ un lucru obişnuit, dar în lumea afacerilor este mai complicat", explică Ferran Sanz, profesor la UPF şi coordonator al Grupului de Cercetare Integrativă în Informatică Biomedicală din cadrul GRIB.
„Cu toate acestea, deoarece siguranţa medicamentelor nu este principalul domeniu de competenţă în industria farmaceutică, posibilitatea de a partaja date este mai viabilă şi, prin urmare, s-a născut eTRANSAFE. Din oportunitatea de a partaja date şi din nevoia de a putea face predicţii mai bune privind toxicitatea viitoarelor medicamente", adaugă Sanz, care a acţionat în calitate de coordonator academic al proiectului.
Rezultatele proiectului eTRANSAFE, publicate în revista Nature Reviews Drug Discovery, au adunat informaţii din peste 10.000 de studii toxicologice efectuate de 13 companii farmaceutice de referinţă.
Datele colectate, împreună cu altele preluate din baze de date publice, au fost introduse în platforma ToxHub; un sistem unic creat pentru ca toţi membrii proiectului să poată explora şi exploata informaţiile privind siguranţa medicamentelor.
Grupul a colectat date standardizate din studiile preclinice, efectuate pe animale, şi din studiile clinice şi de farmacovigilenţă, efectuate pe oameni, care au fost extrase electronic pentru a minimiza eroarea umană.
Pentru a compara toate rezultatele, consorţiul a trebuit să dezvolte un serviciu informatic pentru „traducerea" conceptelor preclinice şi clinice standardizate pe care le-au publicat în acces liber.
„Atunci când observăm un comportament de scărpinat în studiile pe animale, ar trebui să îl asociem cu ceea ce în clinică numim mâncărime. Prin urmare, aveam nevoie de un instrument pentru a echivala aceste concepte şi pentru a putea compara rezultatele studiilor efectuate pe animale cu cele ale oamenilor", explică Sanz.
Analiza comună a studiilor preclinice şi clinice a arătat că nu întotdeauna animalele cele mai apropiate de oameni sunt cele mai potrivite pentru a prezice efectele unui medicament la oameni.
De exemplu, s-a constatat că şobolanii sunt mai buni decât primatele pentru a prezice reacţiile cutanate care pot fi provocate de inhibitorii de kinază, un medicament utilizat pe scară largă în tratamentul cancerului.
În cadrul acestui proiect, a fost dezvoltată şi o aplicaţie, Flame, care permite construirea, întreţinerea şi partajarea simplă a modelelor care prezic proprietăţile biologice ale noilor compuşi.
„Cu această aplicaţie, în câteva minute putem împărtăşi un model dezvoltat la universitate cu o companie farmaceutică", explică Manuel Pastor, profesor la UPF şi şef al Grupului de Farmacoinformatică din cadrul GRIB, care a condus dezvoltarea Flame.
Aplicaţia, care poate fi instalată atât pe un laptop, cât şi în marile servere cloud, „prezintă într-un mod simplu şi atractiv din punct de vedere vizual un software foarte sofisticat, astfel încât orice cercetător să îl poată utiliza".
În cei şase ani cât a durat dezvoltarea proiectului, a fost realizat şi un prototip pentru studierea virtuală a animalelor de control şi au fost dezvoltate instrumente bioinformatice pentru identificarea biomarkerilor mecanici, care oferă informaţii despre mecanismul prin care un medicament provoacă efecte adverse, şi instrumente de text mining pentru identificarea biomarkerilor utilizaţi în studiile clinice.
eTRANSAFE a fost finanţat cu 40 de milioane de euro prin iniţiativa europeană privind medicamentele inovatoare, care primeşte 50% din finanţare de la Uniunea Europeană şi 50% din fonduri private.
Toate aceste instrumente şi bazele de date dezvoltate de eTRANSAFE vor fi stocate permanent la Universităţii Pompeu Fabra (UPF) din Barcelona, Spania.
În proiectul eTRANSAFE au fost implicate 13 companii farmaceutice şi o duzină de instituţii academice, printre care GRIB (The Research Programme on Biomedical Informatics), programul de cercetare în bioinformatică medicală al Departamentului de Medicină şi Ştiinţe ale Vieţii (MELIS) al UPF, Institutul de Cercetare al Spitalului del Mar şi compania MedBioinformatics Solutions, care a luat naştere în cadrul acelstui program.
